El proyecto anual es una actividad colectiva que, año tras año, se lleva a cabo con todos los profesores y alumnos de la escuela, con el objetivo de desarrollar un trabajo de investigación a través del cual se integren conocimientos de diversas disciplinas.
Son proyectos cuyo desarrollo se planea por etapas y fomentan el trabajo en equipo.
Son proyectos que favorecen el trabajo colaborativo entre chicos de secundaria y grandes de preparatoria.
Los alumnos del Instituto escuela participan, junto con los de otras instituciones educativas, en proyectos de alfabetización. Es un trabajo dividido en dos fases, primero la llamada precampaña, en la cual se realizan lecturas, se prepara material y se elaboran talleres para trabajar en las comunidades rurales. Después se lleva a cabo la campaña en la comunidad elegida, durante varias semanas en verano.
